Mangkatnya Pangeran Girilaya pada tahun 1662 M menyebabkan konflik internal yang cukup memprihatinkan. Pertikaian internal antara Pangeran Sepuh II dan Pangeran Arya Cirebon menjadi alasan bagi Belanda untuk menancapkan pengaruhnya di kesultanan. Sehingga kesultanan pecah menjadi empat dengan pemimpinnya sendiri-sendiri.Ditengah suasana seperti itu, tepatnya pada tahun 1689 M, Mbah Muqoyyim lahir di desa Srengseng Krangkeng, Karang Ampel Indramayu. Berdasarkan buku silsilah pesantren Buntet, beliau adalah putra Kyai Abdul Hadi yang berdarah kesultanan Cirebon. Diyakini, Mbah Muqoyyim mendapat ilmu secara laduni, diperolehnya tanpa melalui proses belajar. Namun, ada juga pihak yang meyakini bahwa beliau mendapat ilmu agama dari sebuah pesantren di Jawa, tapi tidak terdapat dokumen yang memberikan penjelasan ihwal keberadaan pesantren tersebut.